En un nuevo día en la región de Kanto, el profesor Yukinari Ookido invita a Satoshi a la ceremonia de inauguración del laboratorio del profesor Sakuragi en Vermillion City. Durante el discurso ceremonial, el profesor Sakuragi recibe una alerta de un Pokémon posiblemente raro que aparece en el puerto de Ciudad Vermillion, lo que lleva a Satoshi y a los otros entrenadores a correr al área con la esperanza de encontrar al misterioso Pokémon. En el puerto, encuentran a Lugia, un Pokémon legendario, en combate con otros entrenadores.
Al darse cuenta de las tácticas de los otros entrenadores, Satoshi hace que su compañero, Pikachu, golpee a Lugia con un ataque Thunderbolt. Sin inmutarse, Lugia huye, pero no antes de que Satoshi salte con determinación sobre su espalda. Para sorpresa de Satoshi, se encuentra con otro chico, Gou, que también saltó sobre la espalda de Lugia. Los dos viajan en la espalda de Lugia mientras los lleva a una extraña aventura a través de los mares. Mientras deja a los dos en el suelo, Satoshi y Gou se despiden de Lugia y regresan al Instituto Sakuragi.
Impresionado por los hallazgos de Gou y la percepción de Satoshi durante su encuentro, Sakuragi solicita que el dúo sea sus nuevos socios de investigación. Y así comienza el viaje del dúo, viajando a través de múltiples regiones para conocer a muchos Pokémon nuevos, ¡incluidos los que tienen la capacidad de Gigantamax!